Sự khác biệt giữa RT PCR và QPCR

Sự khác biệt chính - RT PCR so với QPCR
 

Phản ứng chuỗi polymerase là một kỹ thuật được sử dụng để khuếch đại một vùng DNA cụ thể trong ống nghiệm. Do phát minh ra kỹ thuật này của Kary Mullis vào năm 1983, các nhà khoa học có thể tạo ra hàng ngàn đến hàng triệu bản sao các đoạn DNA cụ thể cho mục đích nghiên cứu. Hiện nay nó đã trở thành một kỹ thuật phổ biến và được thực hiện thường xuyên trong các phòng thí nghiệm lâm sàng và nghiên cứu cho nhiều ứng dụng. Có nhiều biến thể của kỹ thuật PCR truyền thống như RT PCR, PCR lồng nhau, PCR ghép kênh, Q PCR, RT - QPCR, v.v ... RT PCR và Q PCR là hai biến thể quan trọng của PCR. Sự khác biệt chính giữa RT PCR và Q PCR là RT PCR được sử dụng để phát hiện biểu hiện gen thông qua việc tạo raDNA bổ sung (cDNA) bản sao từ RNA trong khi Q PCR được sử dụng để đo định lượng các sản phẩm PCR theo thời gian thực bằng cách sử dụng thuốc nhuộm huỳnh quang.

NỘI DUNG
1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. RT PCR là gì
3. QPCR là gì
4. So sánh cạnh nhau - RT PCR vs QPCR
5. Tóm tắt

RT PCR là gì?

Phản ứng sao chép chuỗi polymerase ngược (RT PCR) là một biến thể của PCR được sử dụng để phát hiện biểu hiện RNA. Đây là một phương pháp rất quan trọng để phát hiện biểu hiện mRNA trong các mô. RT PCR được sử dụng khi nguyên liệu ban đầu của mẫu là RNA. Trong RT PCR, mRNA mẫu đầu tiên được chuyển đổi thành DNA bổ sung. Bước này được xúc tác bởi enzyme sao chép ngược enzyme và quá trình này được gọi là sao chép ngược. Thứ hai, PCR truyền thống được sử dụng cho cDNA mới được tổng hợp để khuếch đại.

RT PCR là một kỹ thuật có độ nhạy cao, đòi hỏi một lượng mẫu RNA tương đối nhỏ. RT PCR thường được sử dụng trong chẩn đoán và định lượng các loài RNA, đặc biệt là các loại virus RNA như virus gây suy giảm miễn dịch ở người và virus viêm gan C.

Hình 01: Kỹ thuật RT PCR

QPCR là gì?

PCR định lượng (QPCR) là một biến thể của PCR được sử dụng để đo định lượng các sản phẩm PCR. Nó cũng được gọi là phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực vì nó đo sự khuếch đại của thời gian thực bằng máy PCR thời gian thực. Đây là một phương pháp phù hợp để xác định số lượng của chuỗi mục tiêu hoặc gen có trong mẫu. Tính năng thú vị của QPCR là nó kết hợp cả khuếch đại và định lượng thực sự thành một bước duy nhất. Do đó, nhu cầu điện di gel trong phát hiện có thể được loại bỏ bằng kỹ thuật QPCR. QPCR sử dụng thuốc nhuộm huỳnh quang để dán nhãn sản phẩm PCR trong các phản ứng PCR, cuối cùng dẫn đến định lượng trực tiếp. Khi các sản phẩm PCR tích lũy, tín hiệu huỳnh quang cũng được tích lũy và nó sẽ được đo bằng máy thời gian thực. QPCR có thể được kết hợp với RT PCR. Nó được gọi là RT - QPCR hoặc QRT - PCR và được coi là phương pháp mạnh nhất, nhạy cảm và định lượng nhất để phát hiện nồng độ RNA trong các tế bào hoặc mô.

SYBR Green và Taqman là hai phương pháp được sử dụng để phát hiện hoặc theo dõi quá trình khuếch đại của PCR thời gian thực. Phương pháp SYBR Green được thực hiện bằng cách sử dụng thuốc nhuộm huỳnh quang có tên là SYBR green và phát hiện sự khuếch đại bằng cách liên kết thuốc nhuộm để tạo ra chuỗi DNA kép. Taqman được thực hiện bằng cách sử dụng các đầu dò có nhãn kép và phát hiện sự khuếch đại bằng sự suy giảm của đầu dò bằng Taq polymerase và giải phóng fluorophore như trong hình 02. Cả hai phương pháp đều theo dõi tiến trình của quá trình khuếch đại và báo cáo số lượng thời gian thực của sản phẩm.

PCR thời gian thực có rất nhiều ứng dụng như định lượng biểu hiện gen, phân tích RNA microRNA và không mã hóa, kiểu gen SNP, phát hiện các biến thể số bản sao, phát hiện các đột biến hiếm, phát hiện các sinh vật biến đổi gen, phát hiện các tác nhân lây nhiễm, v.v..

Hình 02: Kỹ thuật PCR định lượng

Sự khác biệt giữa RT PCR và QPCR là gì?

RT PCR vs QPCR
RT PCR là một kỹ thuật được sử dụng để phát hiện biểu hiện gen bằng cách khuếch đại.	QPCR là một kỹ thuật khuếch đại DNA và định lượng các sản phẩm PCR trong thời gian thực.
Sự tham gia của Enzyme sao chép ngược
Enzyme đảo ngược enzyme được sử dụng cho RT PCR.	Enzyme đảo ngược enzyme không được sử dụng cho QPCR.
Sử dụng các phân tử có nhãn huỳnh quang
Thuốc nhuộm hoặc đầu dò có nhãn huỳnh quang không được sử dụng cho RT PCR.	Thuốc nhuộm hoặc đầu dò có nhãn huỳnh quang được sử dụng cho QPCR.
Định lượng sản phẩm PCR
Trừ khi được kết hợp với QPCR, RT PCR không định lượng được sản phẩm PCR.	QPCR đo định lượng sản phẩm PCR.
Nguyên liệu ban đầu
Nguyên liệu ban đầu là mRNA.	Nguyên liệu ban đầu là DNA.
Tổng hợp cDNA
DNA bổ sung được tạo ra trong RT PCR.	DNA bổ sung không được tạo ra trong QPCR.

Tóm tắt - RT PCR vs QPCR

RT PCR và QPCR là hai phiên bản của PCR truyền thống. Kỹ thuật RT PCR được thực hiện cho các mẫu mRNA và nó được thúc đẩy bởi quá trình sao chép ngược và sản xuất cDNA. QPCR được sử dụng để định lượng các sản phẩm PCR trong chu kỳ nhiệt PCR thời gian thực bằng cách sử dụng thuốc nhuộm huỳnh quang hoặc các đầu dò có nhãn. Trong QPCR, lượng sản phẩm PCR được biểu thị bằng các tín hiệu huỳnh quang phát ra từ mẫu. RT PCR được sử dụng phổ biến như một quá trình khuếch đại trong khi QPCR thường được sử dụng như một quá trình định lượng. Đây là sự khác biệt giữa RT PCR và QPCR.

Người giới thiệu:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo và GK Agrawal. PCR Real-Time PCR: Cách mạng phát hiện và phân tích biểu hiện của gen. Genomics hiện tại. Nhà xuất bản Khoa học Bentham, tháng 6 năm 2007 Web. Ngày 03 tháng 4 năm 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh và Jo Vandesompele. Phân tích biểu hiện gen dựa trên RT-qPCR đơn giản và nhạy cảm của các mẫu FFPE. Tin tức thiên nhiên. Nhóm xuất bản tự nhiên, ngày 22 tháng 2 năm 2016. Web. Ngày 03 tháng 4 năm 2017
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon và C. Mathieu. Sử dụng PCR sao chép ngược thời gian thực để định lượng biểu hiện gen Cytokine. Tạp chí Kỹ thuật phân tử sinh học: JBT. Hiệp hội các cơ sở tài nguyên sinh học, tháng 3 năm 2003. Web. Ngày 03 tháng 4 năm 2017

Hình ảnh lịch sự:
1. xông Taqman theo người dùng: Braindamaged - Công việc riêng của người tải lên ban đầu (Tên miền công cộng) qua Commons Wikimedia
2. Phản ứng sao chép chuỗi polymerase ngược phiên mã của BY By Jpark623 - Công việc riêng (CC BY-SA 3.0) qua Commons Wikimedia